Након завршене основне школе и гимназије у Лозници и Шапцу, као стипендиста Општине Лозница, уписује и завршава вишу Прву београдску гимназију. Већ у гимназији је научио неколико страних језика.

Желео је да упише студије медицине, али Општина није имала новца за даље школовање, тако да уписује Природно-математички одсек Велике школе у Београду 1884. године.

Дипломирао је 1888. године, а 1889. године послат је на даље студије физичке географије и геологије на Универзитету у Бечу. Докторирао је 1893. године са дисертацијом "Das Karstphanomen", која је преведена на српски језик 1895. године. Ова теза га је учинила познатим у светским научним круговима и сматран је утемељивачем карстологије.

На почетку каријере Јован Цвијић је обављао прва и најзначајнија истраживања, радећи на терену кршевитих предела источне Србије. Објаснио је карстну морфологију, хидрографију и приказао све процесе, облике и појаве карактеристичне за крашке области Балканског полуострва.

Посебну пажњу у својим антропогеографско-етнографским студијама о балканским Словенима посвећује етнографском лику Србије. Пише о географском положају Србије, и истиче чињеницу о Србима као народу са најјачом националном свешћу на Балканском полуострву.

Путовања која је организовао целог живота спадају у групу великих истраживачких подухвата. Путовао је под врло неповољним друштвеним и политичким приликама, и тиме често себе доводио у непријатне ситуације.

Током путовања упознавао се са условима живота становништва на Балканском полуострву, што је било од пресудног значаја за бављење етнографским и политичко-етнографским, а касније и психо-социјалним питањем Балкана. Његова бројна и студиозна путовања показала су да је био одличан организатор научноистраживачког рада и открила су његову склоност ка емпиријским истраживањима.

Грађа прикупљена на терену представљала је основу целокупног научног стваралаштва.

Потенцирао је следеће: "Треба се навићи и о проблему, послу, професији дуго, кадшто и непрекидно мислити, док се нађу решења. Има светлих часова, нарочито светлих ноћи, које се ретко јављају; у њима се нађе решење питања, или се смисле планови научног рада. То доба духовне луцидности и креативности ваља употребити, а не по оној обичној људској, још више оријенталној тромости мислити на одмор. То махом ни организму не шкоди, али и ако шкоди, организам је зато да се честито утроши" (Цвијић Ј. (1987): Балканско полуострво. Сабрана дела Јована Цвијића, књига 2).

У свом делу које је објавио 1921. године под називом "Говори и чланци", Цвијић открива тајну формирања научника и настанка научног дела. Наводи битне услове за бављење научном делатношћу од које зависи напредак целог људског друштва.

Као велики познавалац основних карактеристика људи са балканског подручја истиче да постоје позитивне и негативне особине људи. Посебну пажњу обраћа на лоше моралне особине људи, јер сматра да су велика сметња правом научном раду, а то су површност, слаба воља, спремност на подвале, пакост и злоба.

Сматра да улазак у свет науке представља васпитање снаге воље и моралних вредности научника и да су она основа на којима израста научно стваралаштво.

Научни рад Јована Цвијића је обиман. Објавио је неколико стотина научних радова. Једно од најважнијих његових дела је "Балканско полуострво и јужнословенске земље" (1922).

Велики број његових дела налази се у фонду Универзитетске библиотеке "Светозар Марковић" у Београду.

Неки његови чланци су и дигитализовани: "О научном раду" (1907. год, стр. 11-18) и "Антропогеографски преглед Епира" (1911. год, стр. 11-14).

Јован Цвијић је био оснивач Српског географског друштва, почасни доктор Универзитета Сорбоне и Карловачког универзитета у Прагу.

Умро је у Београду 16. јануара 1927. године, у 62. години.

Једно од признања која је добио је и медаља са његовим именом (по старом Закону о одликовањима) и тако се нашао у друштву српских великана као што су Вук Караџић или Никола Тесла.

Од 17. септембра 2004. године Народна банка Србије пустила је у оптицај новчаницу од 500 динара са ликом Јована Цвијића, чиме му је држава Србија још једном одала почаст за неизмеран допринос научном развоју и угледу наше земље.